Die grafische Sammlung der Kustodie besteht aus zwei Beständen: Zum einen gibt es etliche Werke, die vor allem in den 1970er und 1980er Jahren angekauft worden sind. Darunter sind Künstler vertreten wie Horst Hausotte, Hans Wiegand oder Otto Paetz. Zum Gründungsjubiläum von 1958 erhielt die Jenaer Universität acht Handzeichnungen Ferdinand Hodlers, die der Künstler als Vorarbeit für sein Historiengemälde Der Auszug deutscher Studenten in den Freiheitskrieg von 1813 schuf.
Zum anderen existiert ein umfangreiches Konvolut grafischer Blätter, das wohl schon im Verlauf des 19. Jahrhunderts zusammengetragen worden war. Es handelt sich um etwa 400 Blätter, die aus dem 17. bis 20. Jahrhundert datieren, in unterschiedlichen Präsentationsformen (lose, auf Karton aufgeklebt) vorliegen und einen sehr guten bis mittelmäßigen Erhaltungszustand aufweisen. Es handelt sich um einen heterogenen Bestand: Es gibt unterschiedliche Formate (Zeichnung, Abzeichnung, Skizze, Entwurf) und druckgrafische Techniken (Kupferstich, Radierung, Lithografie, einzelne fotomechanische und fotografische Verfahren).
Durch die Sammlungs- und Disziplingeschichte der Universität Jena gibt es eine enge Verbindung dieses Bestandes mit anderen Sammlungen an der Jenaer Universität, insbesondere mit denen der Klassischen Archäologie, von der sich die Kunstgeschichte ab den 1840er Jahren thematisch und um 1900 schließlich auch institutionell zu lösen begann. Einige der Blätter verweisen dabei sogar in den Zeit um 1800, als sich Carl Ludwig Fernow und Johann Wolfgang von Goethe an der Universität Jena mit kunstästhetischen Fragen beschäftigten.
