Bestände

Zu den wichtigsten Beständen zählt sicherlich die Portraitsammlung, die in den Gründungsjahren der Hohen Schule ab 1548 angelegt wurde und bis in die heutige Zeit fortgeführt wird. Die annähernd 300 Bildnisse zeigen Professoren und Gelehrte der Universität sowie Angehörige der ernestinischen Herzogtümer. Obwohl einige alte Universitäten derartige Bildnissammlungen besitzen, ist dies dennoch keine allgemein verbreitete universitäre Tradition und vollständige Porträtreihen sind entsprechend selten.
An der Jenaer Universität dagegen wurde schon in den ersten Jahrhunderten ihrer Geschichte eine systematische Bildnispolitik betrieben, so dass sich für die universitäre Frühzeit eine nahezu geschlossene Bildnisreihe erhalten hat.

Auch andere Gattungen der Malerei aus verschiedenen Epochen sind in der Kunstsammlung zu finden. Zu nennen sind dabei vor allem die großformatigen Wandbilder von Ferdinand Hodler Der Auszug deutscher Studenten in den Freiheitskrieg von 1813 und Die neun Musen von Ludwig von Hofmann. Beide Werke entstanden beide für das von Theodor Fischer erbaute und 1908 eingeweihte Universitätshauptgebäude.
Die moderne Malerei ist insbesondere durch die Werke von IMI Knoebel vertreten. Mit 12 Arbeiten aus drei Serien des Künstlers besitzt die Universität Jena einen beachtlichen Bestand an Werken des deutschen Minimalismus.

Einen nicht unwesentlichen Teil der Sammlung nimmt zudem die Grafik ein, wobei dieser Bestand mehrheitlich Druckgrafik umfasst, vor allem Reproduktions- und Vorlagegrafik, die bis in die Zeit um 1800 zurückreicht. Eine Attraktion der Grafiksammlung sind acht Entwurfszeichnungen Ferdinand Hodlers, die im Vorfeld seines Historiengemäldes Auszug deutscher Studenten in den Freiheitskrieg von 1813 entstanden. Hinzu kommen etliche Ankäufe aus den 1970er und 1980er Jahren.

Seit 2004 gehört eine Suite von 31 Fotografien von Manfred Leve (1936-2012) zum Bestand, die im Jahr 1968 entstanden und den Künstler Blinky Palermo in seinem Düsseldorfer Atelier zeigen.

Für den Gegenstandsbereich der Plastik finden sich analog zur Bildnissammlung zumeist Porträtbüsten, von denen viele im öffentlichen Raum Jenas zu finden sind, wie bspw. die Denkmäler der Via triumphalis, die als ein universitäres und städtisches Memorialensemble den heutigen Fürstengraben flankieren. Als ein Exempel für moderne Plastik ist Frank Stellas' Garrison der Hudson River Valley Series anzuführen, das mit drei weiteren Werken der Serie auf dem Ernst-Abbe-Platz (Campus) in Jena zu sehen ist.

Ein weiteres Konvolut bilden zahlreiche Medaillen, Schenkungen und Stiftungen sowie die Insignien und Talare der Salana. Darüber hinaus betreut die Kustodie zusammen anderen zentralen Einrichtungen der Universität historische Gebäude, wie bspw. das Universitätshauptgebäude, das Frommannsche Anwesen oder die Alte Universität, die so genannte Wucherei, im Fürstengraben 23.